Antibiyotikler, bakteriyel enfeksiyonun kuşatması altındaki bağışıklık sistemine destek sağlarken , aşılar her tür erken uyarı yaparak bağışıklık hücrelerini belirli patojenlere karşı savunmaya hazırlar.Bunu doğal enfeksiyonu taklit ederek gerçekleştirirler.Yani tehdit edici organizmayı vücuda sokarlar ama bağışıklık sisteminin kolayca savaşabileceği bir form olur.Aşı, labaratuvarda zayıflatılmış yada tamamen öldürülmüş bakteriler veya virüslerle dondurulmuş olabilir.
Organizma tarafından salgılanan , kimyasal olarak etkisizleştirilmiş toksinler içerebilir.Yada sadece bir patojenin parçaları- mikrobun yüzeyini kaplayıp onu bağışıklık sistemi için yabancı olarak işaretleyen antijenler- içerebilir.
Bağışıklık sistemi belirli bir organizmaya özgü antijenleri daha sonra başvurmak üzere bir kenara kaldırır. Bu arada aşı olduğumuzda vücudumuz farkına bile varmadan bir bağışıklık yanıtı oluşturur.
Kanda antikor üreten bağışıklık hücreleri (B hücreleri ) arasında , antikorları aşının getirdiği antijenle eşleşende vardır.Antikorlar, yabancı maddeyi kaplayıp istilacı olarak işaretlerken bağışıklık hücreleri çoğalıp daha çok uygun antikor salgılar. Bazı bağışıklık hücreleri ise , istilacıları yer ve dost hücreleri göstermek için antijenlerini taşır.Tehdit ortadan kalktığında bazı bağışıklık hücreleri , üreyebilen ve aynı tehdit geri gelirse uygun antikoru kısa sürede seri halde üretebilen bellek hücrelerine dönüşür.
Aşı kampanyaları sadece bireyleri değil genel olarak toplumu da korumayı amaçlar.Toplumum önemli bir bölümü aşılandığında aşı olamayacak kadar hassas olanlar (bağışıklık sistemi zayıf olanlar) bile hastalıkla karşılaşmayacakları için korunmuş olurlar.